Главный магистрат — высшее государственное учреждение, основанное в Санкт-Петербурге по указу царя Петра I в 1720 году как главное начальственное учреждение над городовыми магистратами других городов.

В Санкт-Петербурге Главный магистрат выполнял функции городского магистрата, во главе его стоял обер-президент, члены Главного магистрата (4 бургомистра и 2 ратмана) избирались из числа наиболее состоятельных горожан. Главный магистрат осуществлял контроль за распределением финансов в городах, раскладкой и сбором податей и сборов. Косвенные сборы (таможенные, солевые, кабацкие и пр.) с 1722 года оставлены в ведении городских магистратов. Главный магистрат контролировал также действия полиции и исполнение городскими магистратами возложенных на них полицейских функций.

Утверждению Главного магистрата подлежали все гражданские и уголовные дела, которые велись городскими магистратами. Для решения сложных дел Главный магистрат сносился с Сенатом. Главный магистрат не подчинялся распоряжениям Камер-коллегии и других коллегий, что было обязательным для городских магистратов. В царствование Петра I Главный магистрат был главным органом городского управления, сосредоточившим в своих руках контроль за основными областями жизни Санкт-Петербурга.

За исполнение указов Главного магистрата отвечал Президент, должность которого была введена в 1721 году.

В 1727 году Главный магистрат заменён Ратушей, восстановлен в 1743 году как Контора Главного магистрата, переведённого в Москву. С 1743 года Главный магистрат по предписанию Сената подчинялся губернским властям и полиции. С 1775 года являлся почти исключительно судебным учреждением, рассматривал уголовные и гражданские дела лиц из купеческого и мещанского сословий. Окончательно упразднён в 1796 году, часть функций передана Ратгаузу.